El Hospital fue fundado alrededor de 1895 por acto y voluntad de particulares. A solicitud de los Miembros de la Junta de la Beneficencia del Municipio de CHAPARRAL del Departamento del Tolima, el Presidente de la República JOSÉ VICENTE CONCHA y el Ministro de Gobierno MIGUEL ABADÍA MÉNDEZ, le reconocieron Personería Jurídica como Hospital de Caridad mediante Resolución fechada de 12 de agosto de 1914, publicada en el Diario Oficial del 25 del mismo mes y año.
El 9 de febrero de 1967, fue destruida gran parte de su estructura física. En 1968 se inició su reconstrucción con aportes del Fondo Nacional Hospitalario y el Servicio Seccional de Salud del Tolima, en el mismo lugar donde había funcionado siempre, dándose al servicio la nueva edificación en agosto de 1973.
Mediante Resolución 2860 de 9 de septiembre de 1977 el Servicio Seccional de Salud del Tolima, creó la UNIDAD REGIONAL DE SALUD DE CHAPARRAL, conformada por los Hospitales de los Municipios de Chaparral, como cabecera, Ataco, Coyaima, San Antonio y Rio blanco, denominándose entonces el HOSPITAL REGIONAL SAN JUAN BAUTISTA.
Mediante Ordenanzas 092 de 28 de septiembre de 1994 y 007 del 8 de marzo de 1995,emanadas de la Asamblea Departamental del Tolima, el Hospital fue reestructurado como Empresa Social del Estado del Orden Departamental y se encuentra ubicado en la calle 11 carreras 9 y 10 PBX 2 460-077